Allenstein entstand im Schutz der Ordensburg, die bis heute mit ihrem großen Bergfried das Stadtbild prägt. Die Burg diente dem Bischof zur Verwaltung des Hochstifts Ermland als weltliches Territorium. In der Funktion eines Domkapitulars lebte Nikolaus Kopernikus ab 1516 mehrere Jahre in der Allensteiner Burg. Sein astronomisches Hauptwerk De revolutionibus orbium coelestium (Nürnberg 1543) sollte das mittelalterliche Weltbild nachhaltig verändern.
 

Nach dem Zweiten Thorner Frieden 1466 stellte sich das Bistum Ermland unter die Krone Polen-Litauens. Damit sicherte sich der Bischof einen Sonderstatus, wodurch das Ermland anders als das 1525 gegründete Herzogtum Preußen auch nach der Reformation katholisch blieb. Nach der preußischen Standeserhöhung 1701 fiel das katholische Allenstein mit dem gesamten Ermland schließlich unter Friedrich II. an das Königreich Preußen. Wenige Jahre später hinterließen die Napoleonischen Kriege eine Spur der Verwüstung, von deren Folgen sich die Provinz nur schwer erholte. Erst nach der Reichsgründung 1871 sollte die Stadt eine neue Blüte erleben, die auch der wenig später erfolgte Eisenbahnanschluss beförderte. Schließlich wurde Allenstein 1905 Sitz des Regierungspräsidiums für den gleichnamigen Bezirk. Die positive Entwicklung wurde durch den Ersten Weltkrieg jäh unterbrochen, als Ostpreußen als einzige deutsche Provinz zum Kriegsschauplatz wurde. Hunderttausende flohen vor den russischen Armeen, weite Teile der Provinz versanken in Schutt und Asche. Schließlich gelang dem deutschen Militär die Rückeroberung, wofür insbesondere Generalfeldmarschall Hindenburg als „Retter Ostpreußens“ mythische Verehrung zu Teil wurde.